Résumé de la saison 1 (Pokémon Aube) :

Sur la petite île de Maïlys, centre archéologique d'une vieille civilisation abandonnée, la révélation d'une prophétie vantant la réalisation d'un souhait à quiconque réunirait les 6 pokémons climatiques a fait des émois. Dans cette région jadis sauvage et délaissée, le commerce touristique a connu un tel succès que des villes ont commencé à émerger aux quatre coins de l'île. Dresseurs, criminels, voyageurs, explorateurs ou simples familles rejoignent les uns après les autres cet endroit paradisiaque, mais dont la stabilité naturelle semble compromise face à l'effervescence dont elle fait preuve...

La Zodiac, une Team puissante et agressive, a su se développer avec les années pour accomplir la prophétie de l’île. Tentant de capturer les 6 Pokémons climatiques, la ligue sera bien obligée de faire de même de son côté, pour éviter que ceux-ci ne tombent dans les mauvaises mains. Malgré tous les efforts des champions, la Zodiac et son chef, Ophiuchus, ont réussi à avoir les éléments nécessaires pour faire descendre l’étoile sur Mailys. Alors que la Zodiac entre en guerre contre le peuple, la légendaire étoile est appelée, permettant à ceux qui la verront de faire un vœu.

L’effervescence est à son comble, seulement…

L’étoile est vide.

La Zodiac est défaite et leur chef disparait complètement, Mailys pouvant enfin respirer. Les Légendaires sont libérés et la vie reprend lentement cours, seul le temps pouvant effacer les séquelles profondes que la Zodiac a laissé derrière elle.

Début de la saison 2 (Pokémon Zénith) :

Trois mois se sont écoulés depuis la grande bataille qui a secoué Mailys. Les blessures sont toujours présentes et beaucoup pointent du doigt la ligue pour son incapacité à régler le conflit rapidement. Une voix plus puissante que les autres s'élève : Isis, chef d'entreprise bien connue, prend la parole et créé l'Aurore. Leur but est simple : développer une rébellion pacifique contre la ligue, pour instaurer un système plus adapté à sa place. Ses revendications éveillent la population : la situation a assez duré, ils veulent se faire entendre du Conseil des Quatre.

L'Aurore attire de plus en plus de monde de son côté et profitant de cette popularité grandissante, organise avec la Zénith un grand Tournoi. Tout ce passe bien jusqu'à qu'une menace bien plus grande s'abatte sur les festivités.

Deoxys.

Personne ne sait d'où vient le légendaire, mais une chose est sûre, il ne rigole pas. Le virus détient une armée de Pokémons prête à se battre. Il ne désire qu'une chose : inverser le rôle entre les humains et les Pokémons. Il tue Isis lors du Tournoi pour menacer les humains, mais ceux-ci reprennent le contrôle et Deoxys s'enfuit avec le reste de son armée. Il ne faut pas croire pour autant qu'il a disparu : Il possède à présent un morceau de territoire et son armée s'affiche au grand jour, menaçant quotidiennement les humains.

L'Aurore et la ligue sont tous au premier rang pour tenter de comprendre et régler le problème, mais il faut faire vite, l'armée grandit de plus en plus...